南通职业大学搬迁的原因可以归纳为以下几点：
提升职业教育水平
南通职业大学作为南通市重要的职业院校之一，搬迁至钟秀校区可能有助于提升整个南通职业教育的整体水平，实现职业教育发展的新突破。
重点民生工程
校区搬迁是市委市政府确定的重点民生工程，反映了政府对职业教育的重视和投入。
合作协议
南通职业大学与南通经济技术开发区控股集团签署合作协议，正式启动校区迁建工程，这表明搬迁工作得到了明确的规划和执行。
校区置换
根据市委市政府的决策部署，南通职业大学的青年路校区将置换至南通大学的钟秀校区，而原南通大学钟秀校区将迁并至啬园校区办学，这可能是为了优化教育资源配置和提高教育质量。