重庆大学在第二轮“双一流”建设中，入选的学科有：
1. 机械工程
2. 电气工程
3. 土木工程
此外，工程学、材料科学、化学等学科进入ESI世界前1‰学科，工程学、材料科学、化学、物理学、环境科学/生态学、计算机科学、地球科学、生物学与生物化学、分子生物学与遗传学、临床医学、数学、植物与动物科学、社会科学总论、药理学与毒理学、农业科学15个学科进入ESI世界前1%。
在软科世界一流学科排名中，土木工程、矿业工程、机械工程、仪器科学、冶金工程、交通运输工程、化学工程、能源科学与工程、控制科学与工程9个学科进入前50名。
控制科学与工程在软科世界一流学科排名中位列全球第36位，交通运输工程位居第27位。
综上所述，重庆大学在第二轮“双一流”建设中的优势学科包括机械工程、电气工程、土木工程，并在多个学科上取得了显著成绩，进入ESI世界前1%和软科世界一流学科前50名。