巢湖共有两所公办大学，分别是：
巢湖学院：
这是一所安徽省属全日制普通本科院校，地方性应用型本科院校。它位于安徽省合肥市巢湖半汤温泉养生度假区，前身是1977年创建的安徽师范大学巢湖专科班，2002年4月经教育部批准升格为本科院校，并更名为巢湖学院。
合肥职业技术学院：
这所学院是合肥市属综合性高职院校，是安徽省首批地方技能型高水平大学之一，也是国家“创新发展行动计划”优质专科高等职业院校建设单位。它由巢湖卫生学校、巢湖农业学校（安徽省土地管理学校）、巢湖财政学校合并升格而成，并于2002年成立。
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