建邺区位于南京市，拥有多所知名大学，其中包括：
南京大学- 历史悠久、声誉卓著的综合性大学，拥有优秀的师资力量和丰富的科研资源。
南京理工大学- 以工科闻名，是国家“211工程”和“985工程”重点建设的高水平大学。
南京航空航天大学- 中国航空航天领域著名的学府，培养了大量科技人才。
东南大学- 综合性研究型大学，拥有强大的理工科学研究能力。
南京工程学院- 南京市重点支持的高校之一，致力于培养高素质的工程技术人才。
此外，建邺区还有以下教育机构：
江苏海事职业技术学院
南京特殊教育职业技术学院（原名南京特殊教育师范学校）
南京市职工大学
南京市广播电视大学
南京高等职业技术学校
金陵老年大学建邺分校- 老年教育机构
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