上智大学共有以下学部：
1. 神学部（Faculty of Theology）
2. 文学部（Faculty of Letters）
3. 综合人间科学部（Faculty of Integrated Human Studies）
4. 法学部（Faculty of Law）
5. 经济学部（Faculty of Economics）
6. 外国语学部（Faculty of Foreign Studies）
7. 综合国际学部（Faculty of Global Studies）
8. 理工学部（Faculty of Science and Technology）
9. 国际教养学部（Faculty of Liberal Arts）
10. 综合全球化学部（Faculty of Global Chemistry）
11. 理工学研究科（Graduate School of Science and Technology）
12. 全球化学术研究科（Graduate School of Global Studies）
13. 地球环境学研究科（Graduate School of Environmental Studies）
这些学部涵盖了广泛的学科领域，包括神学、文学、心理学、法律、经济、外语、国际关系、理工科等。上智大学还提供SGU（Super Global University）项目，专注于培养国际化人才。