神户拥有多所著名的大学院，以下是部分神户的大学院列表：
神户大学大学院
经济学研究科
经营学研究科
法学研究科
国际协力研究科
人文学研究科
国际文化学研究科
人类发达环境学研究科
医学系研究科
理学研究科
工学研究科
系统情报学研究科
农学研究科
海事科学研究科
神户情报大学院大学
专注于IT信息系统研究的硕士研究生课程
神户电子专门学校
虽然是一所专门学校，但也提供与电子计算机相关的教育项目
神户的大学以神户大学的教学和研究水准最高，它是日本一所顶尖的综合性研究型大学，拥有多个学院和研究科。神户大学在科研方面有着显著成就，包括诺贝尔奖得主山中伸弥的毕业院校。