南沙区目前有以下几所本科院校：
香港科技大学（广州）
位置：广州南沙区
特色：由广州大学与香港科技大学合作筹备设立，2023年开始招收本科生，首批专业包括人工智能、数据科学与大数据技术、智能制造工程。
广东外语外贸大学
位置：南沙区
特色：以商务英语为主，辅以经济、外语、管理和文化等多科性大学，是国家“211工程”重点建设的大学之一。
广州大学南沙校区
位置：南沙区
中国科学院大学广州校区
位置：南沙区
广州海洋大学研究生院
位置：南沙区
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