东京大学设有10个学部和15个研究生院，涵盖了广泛的学科领域。以下是东京大学的专业设置：
农学部
生命化学
生命工学
应用生物学
森林生物学
水生生物科学
动物生命科学
生物材料化学
绿地环境学
森林环境资源科学
木质构造科学
生物环境工学
农业资源经济学
野外科学
国际开发农学
兽医学
教养学部
超域文化科学
地域文化研究
综合社会科学
经济学部
经济学
经营学
金融学
教育学部
基础教育学
比故教育社会学
教育实践与政策学
教育心理学
体育与健康教育
工学部
土木工学
建筑学
都市工学
机械工学
机械信息工学
航空宇宙工学
精密工学
电子信息工学
电气电子工学
物理工学
数学工学与信息物理
材料工学
应用化学
化学系统工学
化学生命工学
系统创新学
法学部
法学
政治学
文学部
哲学
中国思想文化学
印度哲学佛教学
伦理学
宗教学宗教史学
伊斯兰学
日本史学
东洋史学
西洋史学
考古学
美术史学
言语学
日本语日本文学
中国语中国文学
印度语印度文学
英语英美文学
德语德国文学
法语法国文学
斯拉夫语斯拉夫文学
南欧语南欧文学
当代文艺学
西洋古典学
心理学
社会心理学
社会学
医学部
基础医学
临床医学
预防医学
药学部
药学
药科学
创药科学
临床药学
齿学部
齿学
口腔保健学
海洋研究专业
海洋勘察和海洋综合研究
深海钻探
重大海洋地壳构成
海底生态
海底资源开发
宇航研究专业
极光观测
探测行星和地球磁场
天文物理
无人宇宙实验室的试验
癌研究专业
致癌原因
诊断方法
治疗途径
生物化学
遗传学
核物理学
这些专业不仅涵盖了传统的学科领域，还包括了一些前沿的研究方向，如海洋研究、宇航研究和癌研究等。东京大学在各个专业领域均保持着世界级的学术影响力，为学生提供了优质的教育资源和学习环境。