吉首大学是一所综合性的大学，其下属学院包括：
1. 商学院
2. 文学院
3. 理学院
4. 工学院
5. 医学院
6. 师范学院
7. 外国语学院
8. 信息科学与技术学院
9. 法学院
10. 艺术学院
11. 体育学院
12. 生物与资源环境科学学院
13. 化学化工学院
14. 计算机科学与技术学院
15. 地理信息与测绘工程学院
16. 马克思主义学院
17. 国际交换与合作学院
18. 继续教育学院
19. 研究生部
20. 国际教育学院
此外，吉首大学还有一些独立设置的研究所和研究中心。
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