日本有多所大学拥有院士，其中包括但不限于以下几所：
东京大学：
东京大学是日本顶尖的大学，在各类世界大学排名中稳居日本第一位。它培养了多位诺贝尔奖得主，包括物理学奖得主朝永振一郎、江崎玲于奈、小柴昌俊、南部阳一郎，以及化学奖得主梶田隆章和大隅良典等。
京都大学：
京都大学同样是日本顶尖的大学，在各类世界大学排名中稳居日本第二位。它也培养了多位诺贝尔奖得主，如物理学奖得主汤川秀树、福井谦一、利根川进和赤崎勇等。
名古屋大学：
名古屋大学是日本著名的综合性大学，在2025年QS世界排名第152名。该校在多个学科领域实力强劲，包括物理学奖得主小林诚和益川敏英等。
大阪大学：
大阪大学是日本历史悠久的大学之一，在多个学科领域都有卓越的表现。
东北大学：
东北大学是日本著名的综合性大学，在人工智能、机器人学等领域有显著的研究成果。
北海道大学：
北海道大学是日本著名的综合性大学，在多个学科领域都有卓越的表现。
此外，日本学士院（Japan Academy）是日本国内的另一学术机构，也拥有院士。例如，深谷贤治是日本学士院院士，同时也是著名数学家。
以上信息基于最近的数据和报道，但请注意，院士的职位可能会有变动，建议直接查询相关学术机构的最新信息以获得最准确的数据