南通大学设有多个学院，涵盖不同的学科领域。以下是部分院系设置的信息：
文学院（楚辞研究中心）
数学与统计学院
物理科学与技术学院
马克思主义学院
教育科学学院
教师教育学院
外国语学院
化学化工学院
机械工程学院
信息科学技术学院
交通与土木工程学院
体育科学学院
公共卫生学院
纺织服装学院
电气工程学院
生命科学学院
理学院
政治学院
商学院
杏林学院
医学院
经济与管理学院
法学院
地理科学学院
微电子学院（集成电路学院）
交通学院（交通与土木工程学院）
继续教育学院
南通大学附属医院（直属大型综合三级甲等医院）
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