截至2024年5月，南京市高淳区内有以下几所大学：
南京大学- 提供教学和研究的高等教育机关。
南京师范大学- 同样是一所提供高等教育的高等教育机关。
南京理工大学紫金学院- 在高淳区有新校区，预计于2025年9月启用。
南京机电职业技术学院- 在高淳区有新校区，项目建设已启动。
南财红山学院- 位于高淳区石臼湖畔，已经建成并开始使用。
江苏卫生健康职业学院- 位于高淳区。
苏州科技大学天平学院- 位于高淳区。
高淳开放大学- 位于高淳区政府附近。
江苏第二师范学院溧水校区- 位于高淳区。
潍坊护理职业学院溧水教学点- 位于高淳区。
金肯职业技术学院- 位于高淳区。
金肯学院东校区- 位于高淳区。
金肯学院西校区- 位于高淳区。
南京航空航天大学金城学院- 位于高淳区。
南京城市职业学院溧水校区- 位于高淳区。
南京视觉艺术学院- 位于高淳区。
老年大学- 提供给老年人学习和交流的场所。
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