雅典大学由多个学院组成，每个学院下设有不同的系。以下是雅典大学的部分学院及其下属的系：
1. 神学院
神学系
牧师神学系
2. 法律、经济、政治学院
法律系
经济学系
政治公共管理系
3. 卫生学院
医学系（附设大学医院）
牙科学系
药学系
护理学系
4. 艺术学院
希腊语言文学系
历史与考古学系
哲学、教育与心理学系
英国语言文学系
法国语言文学系
外国文化系
5. 独立系科
体育与体育教育系
小学教育系
学前教育系
家政系
戏剧研究系
大众传播系
音乐系
雅典大学的学科门类丰富，涵盖了30个学科门类，并且有75个博士学位授予点。其中，哲学、法学、医学、经济学、考古与艺术史是该校的强势学科