巢湖的公办大学包括 巢湖学院和合肥职业技术学院。
巢湖学院是一所安徽省属全日制普通本科院校，也是地方性应用型本科院校。它位于安徽省合肥市巢湖半汤温泉养生度假区，前身是1977年秋创建的安徽师范大学巢湖专科班，1983年2月经国务院批准设立巢湖师范专科学校，2002年4月经教育部批准升格为本科院校，并更名为巢湖学院。此外，巢湖学院也是安徽省省级硕士立项建设单位。
合肥职业技术学院是合肥市属综合性高职院校，也是省教育厅确立的安徽省首批16所地方技能型高水平大学之一，以及国家“创新发展行动计划”优质专科高等职业院校建设单位。它是由原巢湖卫生学校、巢湖农业学校（安徽省土地管理学校）、巢湖财政学校合并升格而成，2002年更为现名。
建议在选择学校时，可以综合考虑学校的办学层次、专业设置、地理位置以及社会声誉等因素。