上智大学是日本一所著名的私立综合性研究型大学，提供多样化的本科专业和研究科专业。以下是一些主要的专业设置：
本科专业
神学部：神学科
文学部：哲学科、史学科、国文学科、英文学科、德国文学科、法国文学科、新闻学科
综合人类科学部：教育学科、心理学科、社会学科、社会福祉学科、看护学科
法学部：法律学科、国际关系法学科、地球环境法学科
经济学部：经济学科、经营学科
外国语学部：英语学科、德语学科、法语学科、西班牙语学科、俄语学科、葡萄牙语学科
国际教养学部：国际教养学科
理工学部：物质生命理工学科、机能创造理工学科、情报理工学科
综合全球化学部：综合全球化学科
大学院专业
神学研究科：神学专攻（博士前期课程）、组织神学专攻（博士后期课程）
哲学研究科：哲学专攻
文学研究科：史学专攻、国文学专攻、英美文学专攻、德国文学专攻、法国文学专攻、新闻学专攻、文化交涉学专攻
综合人类科学研究科：教育学专攻、心理学专攻、社会学专攻、社会福祉学专攻、看护学专攻（修士课程）
法学研究生院：法律专业、法官培训专业
经济学研究生院：经济学专业、经营学专业
外语研究生院：语言学专业
全球研究研究生院：国际关系论专业、地区研究专业、国际社会专业
理工学研究生院：理工学专业（包括机械工学系、电气･电子工学系、应用化学系、化学系、数学系、物理学系、生物学系、信息与传媒系）
地球环境研究生院：地球环境专业
上智大学的专业设置注重国际化，很多课程采用英语授课，特别是在国际教养学部、外国语学部、全球研究研究生院等部门。此外，上智大学在新闻学科、社会学、经济学等领域享有较高的声誉，并拥有优秀的教学和研究设施