金门大学共设置了四个院系，分别是商学院、税务学院、法学院和信息科技学院。这些学院提供准备语言和大学课程指导（PLUS program）、本科课程、硕士课程、博士课程和法学博士课程。
本科课程
蒙特瑞海湾校区
会计
商业管理
计算机信息
旧金山
艺术管理
商业管理
会计
信息技术
洛杉矶
艺术管理
商业管理
会计
信息技术
硕士课程
蒙特瑞海湾校区
行政公共管理（EMPA）
商业管理（MBA）
会计（MBA）
电子商务（MBA）
金融（MBA）
信息管理（MBA）
管理（MBA）
国际商务（MBA）
市场营销（MBA）
物流管理（MBA）
旧金山
会计
心理学
商业管理
金融
财务策划
人力资源管理
信息技术
综合类市场营销（共关营销）
市场营销
税务
洛杉矶
会计
心理学
商业管理
金融
财务策划
人力资源管理
信息技术
以上信息提供了关于金门大学院系和课程设置的概览。