菏泽学院的热门专业包括以下几个方面：
王牌专业
自动化：2021年度省级一流本科专业建设点。
体育教育：2019年度省级一流本科专业建设点。
生物科学：2019年度省级一流本科专业建设点。
机械电子工程：2019年度省级一流本科专业建设点。
化学工程与工艺：2019年度省级一流本科专业建设点。
生物工程：2019年度省级一流本科专业建设点。
财务管理：2019年度省级一流本科专业建设点。
音乐学：2019年度省级一流本科专业建设点。
热门专科专业
计算机应用技术：随着信息技术的飞速发展，该专业培养了大量IT精英，满足了社会对技术人才的迫切需求。
会计：会计专业以其实用性和就业率高而受到学生的青睐，毕业生在金融、审计等领域有着广阔的发展空间。
电子商务：在互联网经济的大潮中，该专业为学生提供了丰富的实践机会，培养了众多电商领域的专业人才。
其他推荐专业
土木工程、 地理信息科学、 建筑学、 环境科学与工程、 能源化学工程、 智能制造工程、 材料成型及控制工程等。
这些专业结合了菏泽学院的学科优势和社会需求，既有传统王牌专业，也有适应时代发展的热门专业。建议学生在选择专业时，可以综合考虑自己的兴趣和职业规划，选择最适合自己的发展方向。