扬州市职业大学的职能部门主要包括以下几类：
教务处
全面贯彻执行党的教育方针、上级指示和学校党政的各项决议，并组织实施、综合协调全校教育教学工作。
负责提出学校教育发展、专业设置和调整、教学改革和教学管理等方面的意见和建议，经学校批准后组织实施。
组织和指导各系（部）制定专业教学计划、各课程教学大纲和其他教学文件，经初步审核后报分管教学校长审定批准后组织执行。
负责学校专业建设，组织重点课程建设，指导各系开展教学改革和教学法研究。
编制全校教学工作流程，会同各系下达教学任务、编制全校课程表，负责处理调课和教室的调度工作。
实施教学过程管理工作，检查、督促和保证各教学环节（包括讲课、实验、课程设计、实习、社会调查、技能训练、毕业设计等）的正常运转。
负责全日制普通高等教育学生的学籍管理、成绩登录工作、毕业资格审查，以及进修生、旁听生的接受、管理工作。
管理全日制普通高等教育学生的校内各项考试、考核，负责试题库与试卷库的建设，负责大学生国家级、省级等级证书考试工作，组织各类社会考试。
负责审查、订购、保管、发放各系（部）、各教学职能部门提出的教材和教学参考书，组织教学讲义及教学资料的印制。
负责组织全校教学仪器设备的计划、采购、管理。
考务管理科
承办公文函电记载、传阅、归结、整理和存档，负责组织各科室工作档案归档工作。
学籍管理科
负责全校科学技术工作的管理，宣传、贯彻落实党和国家的各项科技政策，组织编制学校科技产业工作的发展规划和年度工作计划，拟定学校科技政策以及有关规章制度，并组织实施。
教材管理科
负责科研项目及经费管理，制订学校科研课题指南，组织各级各类科研课题的申报、项目管理、经费管理及结题验收工作。
实践教学和设备管理科
负责学校“五技服务”即技术开发、技术转让、技术咨询、技术服务、技术许可合同的管理工作；组织各学院、各部门及科技综合体开展科技成果转化与推广工作，负责学校知识产权保护和管理等工作。
教学督导室
负责开展学校内部质量保证与诊断改进和教学督查、指导等相关工作。
这些职能部门在校党委和行政的领导下，各自承担不同的职责，共同确保学校的教学、科研和管理工作顺利进行。