南通职业大学是一所综合性全日制普通高校，其院系设置如下：
机械工程学院
机械制造与自动化
数控技术
机电一体化技术
模具设计与制造
工业机器人技术
智能制造装备技术
汽车检测与维修技术
汽车技术服务与营销
船舶工程技术
飞机维修
电子信息工程学院
汽车电子技术
电气自动化技术
新能源应用技术
物联网应用技术
计算机应用技术
软件技术
动漫设计与制作
药品与环境工程学院
精细化学品生产技术
应用化工技术
环境监测与治理技术
材料工程技术
生化制药技术
药品经营与管理
建筑工程学院
建筑工程技术
建筑装饰工程技术
市政工程技术
建筑钢结构工程技术
工程监理
建筑工程管理
工程造价
汽车与交通工程学院
汽车检测与维修技术
汽车技术服务与营销
汽车电子技术
船舶工程技术
艺术设计学院
广告设计与制作
企业形象与产品包装设计
动画影视与平面广告设计
经济管理学院
会计（审计与理财）
会计（纳税筹划）
会计与统计核算
国际经济与贸易（外销与跟单）
物流管理（港口物流）
物流管理（企业物流）
国际商务（报关与报检）
市场营销
国际合作教育学院
外国语（国际合作教育）
技师学院
技师
海门学院
主要承担一年级新生的教学和管理任务
继续教育学院
开设有建筑工程技术、数控技术、机电一体化技术等二十多个专业
马克思主义学院
主要承担思想政治教育工作
公共教学部
负责全校公共课程的教学工作
这些学院和专业涵盖了工、文、管、艺等多个领域，形成了“以工为主，文、管、艺并举”的专业格局。学校的专业建设精准对接区域产业发展，现有50多个专业，其中国家“双高计划”专业群1个、国家骨干专业5个、国家级重点专业5个、省政府立项品牌专业1个、省高水平骨干专业4个、省重点专业群4个、省品牌（特色）专业9个、省示范建设重点专业（群）4个。