敦煌市拥有多所高等教育机构，其中包括：
酒泉开放大学敦煌学院
公办新型高等学校
以现代信息技术为支撑
开展开放专、本科教育及非学历全民终身教育
敦煌莫高窟大学
师范类型大学
本科生和硕士研究生教育
专业涵盖理工科、文史科、经济管理科和师范类等领域
甘肃师范大学
甘肃省唯一的省属师范类大学
综合性大学
教育部直属
拥有智慧教室、网络大楼、实验室等设施
兰州财经大学敦煌学院
兰州财经大学的二级学院
设有经济学、管理学、文学、艺术等本科专业
甘肃民族师范学院
以师范类专业为主的本科院校
专业设置包括教育学、文学、历史学、艺术学等
西北师范大学敦煌学院
实施全日制本科、硕士研究生学历教育
依托西北师范大学的优质学科资源和敦煌文化资源
敦煌市老年大学
丰富老年人晚年生活的教育机构
旨在实现“老有所学、老有所乐”
这些机构提供不同层次和类型的教育，满足不同人群的学习需求，包括开放教育、师范教育、经济管理教育等。