爱丁堡大学由三所主要学院组成，它们分别是：
艺术、人文与社会科学学院（College of Arts, Humanities & Social Sciences）
下设多个小学院，如商学院、爱丁堡艺术学院、神学院、经济学院等。
科学与工程学院（College of Science & Engineering）
包括生物科学学院、化学学院、工程学院、地球科学学院等。
医学与兽医学院（College of Medicine & Veterinary Medicine）
下设爱丁堡医学院和皇家（狄克）兽医研究院。
这些学院下面又各自包含多个系，提供240种学位课程。爱丁堡大学的医学院尤其著名，是世界上最古老的医学院之一，培养了多位世界知名的医学家