在2000年，南京的著名大学包括：
南京大学- 简称“南大”，是一所历史悠久、声誉卓著的百年名校，属于“双一流”A类、“211工程”和“985工程”重点建设高校。
东南大学- 简称“东大”，是南京的工科特色综合性研究型大学，也是“双一流”和“211工程”重点建设大学之一。
河海大学- 简称“河海”，是一所具有百年历史的以水利为特色的工科为主的多学科协调发展大学。
南京理工大学- 简称“南理工”，是一所隶属于工业和信息化部的全国重点大学，以工科为主。
南京航空航天大学- 简称“南航”，是一所具有航空航天民航特色的理工类综合性全国重点大学，也是“双一流”和“211工程”重点建设高校。
南京农业大学- 简称“南农”，是一所农业和生命科学为优势和特色的综合性大学。
南京师范大学- 简称“南师”，是一所师范类重点大学。
南京邮电大学- 简称“南邮”，是一所邮电通信类重点大学。
南京中医药大学- 简称“南中医”，是一所中医药类重点大学。
南京信息工程大学- 简称“南信大”，是一所信息科学类重点大学。
南京审计大学- 简称“南审”，是一所审计类重点大学。
南京林业大学- 简称“南林”，是一所林业科学类重点大学。
南京财经大学- 简称“南财”，是一所财经类重点大学。
南京医科大学- 简称“南医大”，是一所医学类重点大学。
南京工业大学- 简称“南工大”，是一所工科类重点大学。
这些大学在当时都是江苏省乃至全国知名的高等教育机构，为江苏省乃至全国的经济社会发展培养了大量优秀人才。