1999年中国大学排名情况如下：
清华大学
综合得分： 100
学术声誉排名： 1
学术声誉得分： 100
论文排名： 1
论文得分： 100
新生质量排名： 1
新生质量得分： 100
师资排名： 3
师资得分： 64.038
科研经费排名： 1
科研经费得分： 100
北京大学
综合得分： 82
学术声誉排名： 2
学术声誉得分： 99.612
论文排名： 3
论文得分： 45.67
新生质量排名： 2
新生质量得分： 96
南京大学
综合得分： 91.86
排名： 3
得分： 91.86
人数： 25
平均分： 4.51
复旦大学
综合得分： 90.23
排名： 4
得分： 90.23
人数： 26
平均分： 4.43
中国科学技术大学
综合得分： 89.97
排名： 5
得分： 89.97
人数： 25
平均分： 4.41
中国协和医科大学
综合得分： 87.60
排名： 6
得分： 87.60
人数： 24
平均分： 4.30
浙江大学
综合得分： 87.36
排名： 7
得分： 87.36
人数： 26
平均分： 4.28
上海交通大学
综合得分： 85.18
排名： 8
得分： 85.18
人数： 25
平均分： 4.18
南开大学
综合得分： 80
排名： 9
得分： 80
人数： 26
平均分： 4.00
这些排名综合了学术声誉、论文发表、新生质量、师资和科研经费等多个方面的因素。清华大学和北京大学在1999年的排名中位列前两名，表现突出。