截至2024年，扬州大学设有多个专业学院，涵盖工、理、文、经、管、法、教育、艺术等多个学科门类。以下是一些主要的专业学院及其专业设置：
生物科学与技术学院
生物科学（师范）
生物技术
生物制药
建筑科学与工程学院
土木工程
交通工程
建筑学
工程管理
环境科学与工程学院
给排水科学与工程
环境工程
环境科学
资源环境科学
海洋资源与环境
文学院
汉语言文学（师范）
秘书学
汉语国际教育
社会发展学院
历史学（师范）
哲学
档案学
社会工作
马克思主义学院
思想政治教育（师范）
法学院
法学
新闻与传媒学院
广播电视学
教育技术学（师范）
数字媒体艺术
摄影
外国语学院
英语（师范）
翻译
商务英语
日语
法语
阿拉伯语
数学科学学院
数学与应用数学（师范）
信息与计算科学（嵌入式培养）
统计学
物理科学与技术学院
物理学（含师范）
微电子科学与工程
光电信息科学与工程
化学化工学院
材料化学
化学（师范）
应用化学
高分子材料与工程
化学工程与工艺
制药工程
机械工程学院
机械设计制造及其自动化
智能制造工程
车辆工程
材料成型控制与工程
工业设计
农业机械化及其自动化
电子封装技术
信息工程学院（人工智能学院）
计算机科学与技术
软件工程
电子信息工程
通信工程
自动化
人工智能
电子信息科学与技术
物联网工程
信息管理与信息系统
水利科学与工程学院
水利水电工程
农业水利工程
水文与水资源工程
港口航道与海岸工程
电气与能源动力工程学院
能源与动力工程
新能源科学与工程
建筑环境与能源应用工程
电气工程及其自动化
测控技术与仪器
建筑电气与智能化
教育科学学院（师范学院）
学前教育（师范）
小学教育（师范）
应用心理学[2