环保部并没有直接下属的高等院校，但是有一些大学与环保部有共建关系，或者设有环境相关专业，以下是部分与环保相关的大学列表：
河北环境工程学院- 属于河北省人民政府与环境保护部共建学校。
长沙环境保护职业技术学院- 属于环保部与湖南省人民政府共建的环保类高职院校。
清华大学- 设有环境科学与工程学院。
哈尔滨工业大学- 有环境科学与工程学院。
同济大学- 设有环境科学与工程学院。
北京大学- 有环境科学与工程学院。
北京师范大学- 设有环境科学与工程学院。
南京大学- 设有环境科学与工程学院。
浙江大学- 设有环境科学与工程学院。
北京林业大学- 环境科学与工程专业开设较为全面。
南京林业大学- 环境科学与工程专业融合了新兴环保技术和传统环境管理理念。
中国矿业大学（北京校区）- 环境工程专业涵盖了废水、废气、固废等综合治理技术。
华南理工大学- 拥有国家级环保公共服务实验室，开设环境科学与工程、环境学专业等。
厦门大学- 设有环境与生态学院，包含环境科学系、生态学系、环境与生态工程系。
河海大学- 环境学院设有环境科学系、环境工程系等机构。
这些大学在环境科学、环境工程等领域有较为深入的研究和丰富的教学经验，为中国的环保事业培养了大量专业人才