沙巴州内的主要高等教育机构包括：
1. 马来西亚沙巴大学（Universiti Malaysia Sabah, UMS）
成立于1994年11月24日
位于沙巴州首府亚庇市中心约3公里处的实邦加海湾
校园占地999英亩，环境优美，被誉为“东南亚最美丽的大学”之一
设有11个学院、3个研究所、7个研究中心、5个下属单位
开设了涉及59个学科的1800种课程，包括本科、硕士及博士的学位课程
2. 崇正学院（Institute Sinaran）
前身为沙巴崇正中学大学先修班
提供高等教育课程
此外，沙巴州内还有九间华文独立中学，虽然它们不是大学，但也提供高等教育课程。