南京有多所大学提供博士项目，其中包括但不限于以下几所：
南京大学
东南大学
南京理工大学
南京航空航天大学
南京农业大学
南京师范大学
南京工业大学
南京信息工程大学
南京林业大学
南京医科大学
南京中医药大学
江南大学
扬州大学
江苏大学
苏州大学
南京邮电大学
江苏科技大学
江苏师范大学
徐州医科大学
江苏工程学院
江苏理工学院
南京财经大学
南京审计大学
金陵科技学院
博士毕业生在南京有多种选择，包括进入其他高校、科研院所、市属医院以及产业链重点企业等。部分高校如南京邮电大学对博士毕业生提供留校机会，并重视其学术水平和科研能力。此外，一些985、211高校可能要求博士毕业生有海外留学经历或工作经历。