亳州学院设有多个教学院系，涵盖了教育学、理学、工学、经济学、管理学、文学、艺术学共7个学科门类。具体专业设置如下：
本科专业
中文与传媒系：汉语言文学（本科）、文化产业管理（本科）、语文教育、汉语、广告设计与制作、新闻采编与制作。
电子与信息工程系：电子信息工程（本科）、电子信息工程技术、应用电子技术、计算机网络技术、计算机应用技术（软件开发方向）、计算机教育、数学教育、现代教育技术。
经济与管理系：经济与金融（本科）、旅游服务与管理、会计电算化、物流管理、青少年工作与管理。
教育系：学前教育（本科）、小学教育（本科）。
中药学院：制药工程（本科）、中药学、药物分析、药学和数字媒体艺术。
外语系：英语教育、商务英语、旅游英语、应用英语、商务日语。
生物与食品工程系：生物工程（本科、酿酒方向）、制药工程（本科）、生物制药技术、药物制剂技术、精细化学品生产技术、生物技术及应用、药物分析技术、应用化工技术。
美术系：美术教育、艺术设计、环境艺术设计、多媒体设计与制作。
音乐系：音乐表演、音乐教育。
体育系：运动康复（本科）、社会体育、体育保健。
专科专业
金融（货币银行方向）、法学、会计学、工商管理（企业管理方向）、工商管理（市场营销方向）、行政管理、小学教育、学前教育、汉语言文学、计算机网络技术、建筑施工与管理、物流管理、旅游管理、药品经营与管理、汽车（营销方向）、人力资源管理、人口与家庭（生殖健康方向）、农村行政管理、农业经济管理、中草药栽培技术。
建议：
学生在选择专业时，可以综合考虑自己的兴趣和职业规划，同时参考学校最新的专业设置和就业情况。
由于专业设置可能会发生变化，建议学生在正式填报前，以学校最新公布的信息为准。