自然指数（Nature Index）是一个衡量全球科研机构在自然科学领域高质量研究产出与合作情况的指标。它主要依据以下方法对大学排名：
论文计数 （Article Count, AC）
不论一篇文章有一个还是多个作者，每位作者所在的国家或机构都获得1个AC分值。
分数式计量 （Fractional Count, FC）
FC考虑了每位论文作者的相对贡献。
一篇文章的FC总分值最多为1，在认为每位作者都有相同贡献的情况下，所有作者共享分值。
例如，一篇论文有十个作者，则每位作者的FC得分为0.1。
加权分数式计量 （Weighted Fractional Count, WFC）
为FC增加权重，以调整占比过多的天文学和天体物理学论文。
天文学和天体物理学领域的四种期刊上论文的权重为其他论文的1/5。
排名聚焦点
排名聚焦于各机构在Nature系列、Science、Cell等82种高影响力自然科学类期刊上发表的研究型论文数量和质量。
自然指数排名在全球范围内具有较大的影响力，是衡量科研机构顶尖学术产出的重要标准之一。最新的自然指数排名显示，哈佛大学位居全球高校第1，中国科学技术大学位居全球高校第2。中国内地高校在前10名中占据多个席位