联盟大学，如C9联盟、常春藤联盟等，通常指的是高等教育机构之间为了共享资源、促进学术交流和合作而形成的联盟。这些联盟大学在带来诸多好处的同时，也存在一些潜在的缺点，主要包括：
教育资源不均衡分配
顶尖联盟大学可能通过联盟获得更多资源和机会，而其他普通高校可能被边缘化，这不利于教育公平性。
过度竞争
竞争可能促使一些高校追求短期成果，忽视长期研究规划，损害学术的健康发展。
教学质量问题
随着联合办学项目的增多，一些本身教学质量一般的大学也开展了类似项目，导致教学质量难以保证。
地理位置和气候
某些联盟大学地理位置偏远，如康奈尔大学，娱乐活动选择有限，冬季严寒，可能影响学生的社交生活。
经济负担
宾州州立大学等联盟大学学费和生活费用较高，对于学生和家庭来说是一大经济负担。
学生体验差异
在联合培养项目中，学生可能在专科院校上课，无法完全体验本科学校的学习氛围和资源。
招生自主性问题
较为优秀的大学在招生上拥有更大的自主性，这可能导致招生标准的变化，有时可能偏离教育的初衷。
以上是联盟大学可能存在的一些缺点。