菲律宾国父大学提供多种专业，包括本科、硕士和博士层次。以下是一些主要的专业领域：
本科课程
法学
商学
财政学
管理学
教育学
经济学
市场营销
人力资源管理
社会学
计算机信息科学
哲学
心理学
工商管理
公共管理
硕士课程
工商管理硕士（MBA）
公共管理硕士（MPA）
教育学文科硕士（MAED）
会计学理科学士（B.S.A.）
商科理科学士（B.C.S.）
主修会计学
主修计算机科学
主修经济学
主修金融学
主修管理学
主修文秘学
中等教育学学士（B.S.Ed.）
主修英语
主修历史
主修数学
博士课程
工商管理博士（DBA）
公共管理学哲学博士（DPA）
此外，菲律宾国父大学还提供工业、商业、农业、贸易相关方面的专业，以及工业管理和商业管理课程。
建议根据个人职业发展目标选择适合的专业。例如，如果希望成为管理者或进入商界，工商管理（MBA）和公共管理学（MPA）可能是理想的选择。对于教育工作者或研究人员，教育学（MAED）和教育学文科硕士（MAED）可能更为合适。