战略支援部队系统下设有两所主要的军事院校，它们是：
战略支援部队航天工程大学
主要培养航天领域的指挥军官、技术军官、军士、文职人员和军民融合人才。
学科涵盖军事学、工学、理学、管理学等多个门类。
设有怀柔、昌平、沙河三个校区。
成立于2017年7月，是在原解放军装备学院基础上重建的。
战略支援部队信息工程大学
主要培养信息领域的专业人才，包括网络安全、测绘导航等。
是军队2110工程重点建设院校，国家首批一流网络安全学院建设示范项目高校。
办学历史可追溯至1931年，由多个学院合并组建而成。
主校区位于河南省郑州市，外国语学院位于河南省洛阳市。
这些院校直接归属于战略支援部队的领导和培养新型作战力量，为国防事业和军队建设贡献力量