国内承认的日本大学包括但不限于以下几所：
东京大学（The University of Tokyo, UTokyo）
综合实力在日本排名第一，在理学、医学、文学、工学和政治学等领域具有世界级的学术影响力。
京都大学（Kyoto University, Kyodai）
日本排名第二，历史悠久，在人文科学、自然科学和工程等领域享有卓越的声誉。
早稻田大学（Waseda University, Waseda）
位于东京的著名私立大学，在社会科学、商科、人文艺术等领域有优秀的教学和研究。
东京工业大学（Tokyo Institute of Technology, Tokyo Tech）
著名的工程和理科大学，在工程技术和自然科学领域享有国际声誉。
帝京大学、 帝京平成大学、 北洋大学、 东亚大学、 千叶科学大学、 城西国际大学、 山梨学院大学等。
北海道大学、 室蘭工業大学、 小樽商科大学、 旭川医科大学、 北見工業大学、 弘前大学、 岩手大学等。
东京都立大学、 名古屋市立大学等。
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