菲律宾拥有自治权的高等教育机构通常意味着这些学校可以自主规划课程、安排课程时间，并有权开设新课程。以下是一些知名的菲律宾自治大学：
西利曼大学 （Silliman University）
创办：1901年
特点：QS亚洲综合排名前500，菲律宾综合排名前5。2014年被评为“世界50个最美丽的大学校园”之一。
菲律宾中央大学 （Central Philippine University, CPU）
创办：1905年
特点：全日制综合性大学，位于菲律宾伊洛伊洛市，是菲律宾规模最大的综合院校之一。
菲律宾国立大学 （University of the Philippines, UP）
创办：1908年
特点：由六个独立自治校区组成，提供广泛的学位课程，是菲律宾规模最大的国立综合性大学。
永恒大学 （University of Perpetual Help System DALTA, UPHSD）
特点：菲律宾最高等级认证的AUTonOMOUS STATUS大学，位于菲律宾首都马尼拉市区南部。
中吕宋国立大学 （Central Luzon State University）
特点：位于菲律宾吕宋岛中部，是一所重要的地区性国立大学。
中菲律宾大学 （Central Philippine University）
特点：位于菲律宾中部，是一所历史悠久的综合性大学。
中米沙鄢理工学院 （Central Visayas Polytechnic College）
特点：位于菲律宾米沙鄢群岛，是一所注重技术和职业教育的理工学院。
东方大学 （University of the East）
特点：位于菲律宾首都马尼拉，是一所历史悠久的综合性大学。
圣托马斯大学 （University of Santo Tomas）
特点：位于菲律宾首都马尼拉，是一所著名的罗马天主教大学。
泽维尔大学 （Xavier University）
特点：位于菲律宾北部，是一所以提供高质量教育著称的私立大学。
这些大学在菲律宾享有较高的声誉，提供多样化的课程，并适应了国际生的需求。选择哪一所大学留学，可以根据个人的兴趣、学术目标和预算来决定