日本长崎县内的主要大学包括：
国立大学
长崎大学（Nagasaki University）
简称：长大
地址：日本长崎县长崎市
成立时间：1949年
类型：研究型国立大学
特色：医学部历史悠久，化学专业享有高声誉。
公立大学
长崎县立大学
简称：长县大
特色：信息媒体学和营养看护学专业就业率高，历史悠久，拥有超过百年校史。
私立大学
活水女子大学
长崎卫斯理公会大学
长崎外国语大学
长崎国际大学（短大）
长崎纯心大学
长崎综合科学大学
高等专门学校
佐世保工业高等专门学校
高等学校
长崎县立佐世保北中学校、高等学校
长崎县立佐世保南高等学校
长崎县立佐世保西高等学校
长崎县立佐世保商业高等学校
长崎县立佐世保工业高等学校
长崎县立佐世保中央高等学校
长崎县立佐世保东翔高等学校
长崎县立宇久高等学校
西海学园高等学校
圣和女子学院中学校、高等学校
佐世保实业高等学校
久田学园佐世保女子高等学校
九州文化学园高等学校
特殊学校：长崎县立佐世保聋学校
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