日本在世界大学排名中表现突出的专业主要集中在以下几个领域：
艺术与人文
东京大学：现代语言学（世界排名7位）
东京大学：艺术史（世界排名6位）
工程与技术
东京大学：物理学･天文学（世界排名9位）
东京医科齿科大学：齿科学（世界排名4位）
东京大学：石油工程学（世界排名10位）
东京工业大学、京都大学：工程与技术学科
生命科学与医学
东京大学、京都大学、早稻田大学：艺术与人文学科
东京大学、大阪大学、东北大学等：工学专业
自然科学
东京大学、京都大学、早稻田大学：艺术与人文学科
社会科学与管理
东京大学、京都大学、早稻田大学：艺术与人文学科
一桥大学、东京大学、京都大学、早稻田大学：经济专业
以上信息基于最近的数据更新，具体排名可能会随着时间和不同排名机构的评估标准有所变化。