安徽亳州目前共有两所大学，分别是：
亳州学院：
亳州学院是一所国家教育部批准设置的公办普通本科高校，坐落于“国家历史文化名城”和全国“四大药都”之首——安徽亳州。亳州学院的前身是亳州高等师范学校，2011年由蒙城搬到地级亳州市高新技术开发区。亳州学院不仅是师范高职专科学院，还是安徽省唯一位于地级市的中医药现代化科研基地。
亳州职业技术学院：
亳州职业技术学院是一所全日制公办普通高等职业院校，属于理工类。它的前身是合肥工业大学亳州分校，也是安徽省唯一位于地级市的中医药现代化科研基地。亳州职业技术学院坐落于安徽省亳州市，是全国百所示范性高等职业院校之一，设有药学院、管理学系、电子与气工程系、信息工程系、建筑工程系等5个二级院系43个专业。
这两所大学分别位于亳州市的不同区域，提供了不同层次的教育，分别是本科和专科，满足了不同学生的学习需求。