日本历史上曾经设立了一些专门用于间谍活动和情报收集的学校，以下是其中一些著名的例子：
东亚同文书院：
成立于1901年，位于上海，是日本在中国内地设立的唯一一所海外大学，专门研究中国，进行了长达四十余年的实地调查。
日本陆军中野学校：
位于东京，是培养日本间谍和特工的摇篮，模拟不同国家进行训练，毕业生被派往模拟训练的对象国进行间谍活动。
哈尔滨学院：
成立于1920年，位于哈尔滨，主要针对苏联进行间谍活动，由日本外务省日俄协会创建。
东京情报大学：
成立于1988年，是日本首间冠以「情报」两个字的私立大学，专注于情报科学研究。
电气通信大学：
位于东京都调布市，以研究电子、通讯、计算机和机器人等现代前沿科技为主，在通信领域具有极强的专业特色。
神户大学：
拥有系统情报学研究科，涉及系统科学、情报科学、计算科学等专攻。
北陆先端科学技术大学院大学（JAIST）：情报专攻是该校的王牌学科，在计算相关和基础理论领域排名非常高。
这些学校中有些在二战后进行了重组或更名，以其他名义继续活动，例如原东亚同文书院的人员创建了日本爱知大学，并在东京设立了东亚书院，附设东亚文化研究所，该机构后来成为日本外务省下属的情报机构。
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