截至2024年，大学院系及专业设置如下：
水文水资源学院
水利水电学院
港口海岸与近海工程学院
土木与交通学院
环境学院
能源与电气学院
信息学部（含计算机与信息学院、信息科学与工程学院、人工智能与自动化学院）
力学与材料学院
地球科学与工程学院
农业科学与工程学院
水土保持学院
机电工程学院
新能源学院
材料科学与工程学院
海洋学院
理学院
地理与遥感学院
数学学院
商学院（含经济与金融学院）
公共管理学院
应急管理与安全工程学院
法学院
马克思主义学院
外国语学院
体育系
未来技术学院
河海里尔学院
杏林学院
南通大学附属医院
继续教育学院
31. 国际教育学院
此外，还开设了许多本科专业，例如：
汉语言文学
小学教育
电子信息工程
电气工程及其自动化
非织造材料与工程
临床医学
护理学
机械工程
自动化
计算机科学与技术等
建议根据个人兴趣和职业规划，选择适合的专业和学院。