莫斯科国际大学排名中，日本有3所大学进入了前100位。根据提供的信息，2020年莫斯科国际大学排名中，日本排名最高的大学是东京大学，具体排名为第96位。以下是相关排名信息：
2020年莫斯科国际大学排名：日本大学中排名最高的是东京大学，位于第96位。
2021年QS世界大学排名中，日本有5所大学进入前100位，但具体到莫斯科国际大学的排名情况，信息中没有提及。
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