根据最近发布的2024年QS世界大学排名，日本排名前三的大学如下：
东京大学（The University of Tokyo）
世界排名：46位
日本排名：第1位
京都大学（Kyoto University）
世界排名：80位
日本排名：第2位
大阪大学（Osaka University）
世界排名：91位
日本排名：第3位
以上排名基于QS排名系统，该系统考虑了教育资源、教育参与度、教育成果以及国际化环境等16个绩效指标。东京大学作为日本最古老的国立综合性大学，在全球享有极高的声誉，并在多个学科领域都有卓越的研究成果。京都大学以其自由创新的校风和学术氛围著称，在物理学、化学等学科领域享有盛誉。大阪大学则以其务实的学风和位于大阪这个工业城市及国际门户的地理优势，成为日本顶尖的研究型大学之一。