智能运输工程专业的大学排名如下：
北京交通大学- 教育部直属，以交通工程为特色，是国家“211工程”、“985工程优势学科创新平台”和“双一流”建设高校。
内蒙古农业大学- 以农林为主，以草原畜牧业为特色，是国家“中西部高等教育振兴计划”支持院校。
长春工程学院- 以工学为主，是吉林省特色高水平应用型大学A类高校。
山东交通学院- 位于山东省济南市，是山东省省级硕士立项建设单位。
其他交通大学- 如上海交通大学、西南交通大学和西安交通大学也是智能运输工程专业的优势院校。
请注意，排名可能会随着时间和不同评价机构的标准有所变化，请以最新公布的信息为准。