南京航空航天大学的热门专业主要包括：
航空航天工程：
培养航空器设计与制造、飞行控制等领域的人才，就业前景广阔。
机械工程：
专注于机械设计与制造，是工业制造领域的核心人才。
电子信息工程：
信息技术发展促使该专业在通信、计算机等领域有广泛应用。
材料科学与工程：
研究新材料，对科技创新至关重要。
自动化：
培养控制系统、工业机器人等领域人才，制造业转型升级需求大。
计算机科学与技术：
软件开发、网络安全等领域具有竞争力。
飞行器设计与工程：
面向研究所，最少硕士学历，就业方向包括飞机制造厂、航空公司等。
电气工程及其自动化：
社会认可度高，历年就业率高。
交通运输 （民航运输管理、民航机务工程、民航电子电气工程、机场运行与管理、空中交通管制与签派）：针对民航行业，培养机务、签派、电子电器等人才。材料科学与技术
、 自动化科学与技术：
国内乃至国际上有盛誉，为航空航天事业培养人才。
这些专业中，许多都是国家级特色专业或省级特色专业，显示了南京航空航天大学在相关领域的强势和领先地位。