河海大学共有 72个本科专业。这些专业覆盖了哲学、经济学、法学、教育学、文学、理学、工学、农学、管理学等9个学科门类。具体专业设置情况如下：
水文水资源学院：
水文与水资源工程、自然地理与资源环境、水务工程。
水利水电学院：
水利水电工程。
港口海岸与近海工程学院：
港口航道与海岸工程、海洋资源开发技术、船舶与海洋工程。
土木与交通学院：
土木工程、交通工程。
环境学院：
环境工程、给排水科学与工程、环境科学、环境生态工程。
能源与电气学院：
电气工程及其自动化、自动化、能源与动力工程、新能源科学与工程。
信息学部：
计算机科学与技术、通信工程、电子信息工程。
力学与材料学院：
工程力学、材料科学与工程。
地球科学与工程学院：
地理信息科学、地质工程、测绘工程。
农业科学与工程学院：
农业水利工程、设施农业科学与工程。
海洋学院：
海洋科学、海洋技术。
理学院：
数学与应用数学、信息与计算科学、应用物理学。
商学院：
工程管理、信息管理与信息系统、财务管理、工商管理、市场营销、会计学、人力资源管理、电子商务、国际经济与贸易、经济学。
公共管理学院：
劳动与社会保障、广播电视学、播音与主持艺术、土地资源管理、社会学。
法学院：
法学。
马克思主义学院：
思想政治教育。
外国语学院：
英语、法语。
体育系：
体育教育。
河海里尔学院（中外合作办学机构）。
大禹学院（拔尖人才培养学院）。
远程与继续教育学院。
国际教育学院。
此外，河海大学还有多个国家级和省级一流本科专业建设点，如水文与水资源工程、水务工程、水利水电工程等。
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