奎屯市的高等教育机构包括：
伊犁师范大学（北校区）：
是一所普通高等师范学校，前身是1948年成立的新疆省立伊犁专科学校，后经过发展，于2018年更名为伊犁师范大学。
新疆兵团农七师行政学院：
提供行政管理的教育和培训。
奎屯市开放大学：
专注于成人教育，负责疆内外一些学校的成人教育考试管理。
新疆应用职业技术学院：
是一所综合性大专院校，由伊犁州教育学院、伊犁州技工学校、宜州艺术学院、宜州建筑学校等合并成立。
新疆石河子大学：
位于奎屯市，是一所知名的综合性大学。
新疆农业大学科技学院：
提供农业科学、工程、经济管理等专业的教育。
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