河海大学设有多个系，包括：
水文水资源学院
水利水电学院
港口海岸与近海工程学院
土木与交通学院
环境学院
能源与电气学院
信息学部（包括计算机与信息学院、信息科学与工程学院、人工智能与自动化学院）
力学与材料学院
地球科学与工程学院
农业科学与工程学院
水土保持学院
机电工程学院
新能源学院
材料科学与工程学院
海洋学院
理学院
地理与遥感学院
数学学院
商学院（含经济与金融学院）
公共管理学院
应急管理与安全工程学院
法学院
马克思主义学院
外国语学院
体育系
未来技术学院
河海里尔学院（中外合作办学机构）
大禹学院（拔尖人才培养学院）
远程与继续教育学院
国际教育学院
建议关注河海大学官方网站以获取最新的院系设置信息，因为可能会有新的院系成立或现有院系进行调整。