南京鼓楼区拥有多所著名大学，以下是部分列表：
南京大学- 教育部直属的综合性全国重点大学，历史悠久，声誉卓著。
南京师范大学- 国家“211工程”重点建设高校，国家“双一流”世界一流学科建设高校。
河海大学- 以水利为特色，工科为主，多学科协调发展的综合性大学。
南京工业大学- 以工科为主，多学科协调发展的综合性大学。
南京艺术学院- 中国独立建制创办最早并延续至现今的高等艺术学府。
南京医科大学- 医学教育和科研的重要机构，拥有一流的医学教学和科研设施。
南京财经大学- 以经济管理类学科为主，多学科协调发展的综合性大学。
中国药科大学- 药学教育的重要基地。
南京第二师范学院- 江苏省较早设置的省属公办本科学校之一。
江苏旅游学院- 提供旅游相关的教育与研究。
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