蒙自市拥有以下高等教育机构：
1. 红河学院
是一所省属全日制综合性本科院校。
坐落于云南省红河哈尼族彝族自治州州府蒙自市。
前身为1978年创建的蒙自师范专科学校，2003年由蒙自师范高等专科学校和云南广播电视大学红河分校合并组建。
提供多个学科门类的教育，包括文学、理学、工学等。
2. 云南大学商学院蒙自校区
是云南大学的一个重要组成部分。
是一所全日制普通高等本科院校。
专注于培养应用型管理人才，具有国际化、专业化的教育特色。
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