公务员考试中因长痘痘而被认定为“不合格”的情况，主要依据的是《公务员录用体检通用标准（试行）》中关于影响面容且难以治愈的皮肤病的规定。具体来说，该标准包括白癜风、银屑病、血管瘤、斑痣等影响面容且难以治愈的皮肤病，这些疾病在体检中是不合格的。
在湖南省湘西自治州的一起案例中，一名公务员考生因脸上长青春痘（痤疮）而在体检中被认定为“不合格”。尽管该考生在笔试和面试中取得了第一名的成绩，但由于面部痤疮被认为影响面容，最终未能通过体检。官方回复指出，体检不合格是根据影响面容且难以治愈的皮肤病这一条标准得出的结论，且体检过程中未人为干预结果。
需要注意的是，虽然长痘痘在一般情况下被视为个人形象问题，但在公务员体检中，它被视为一种疾病，且若影响面容且难以治愈，则会影响到录用资格。因此，建议考生在备考公务员时，除了注重提升自身的专业素质和能力外，也要注意保持良好的生活习惯和饮食平衡，以减少皮肤问题的发生，从而避免在体检过程中因类似原因被淘汰。