南京在滁州的大学包括：
南京理工大学：
南京理工大学在滁州建设校区，且为校本部编制。
南京工业大学：
南京工业大学在滁州市南谯区科创城建立了新校区。
滁州学院：
滁州学院是安徽省省属全日制普通本科院校，坐落在滁州市，与南京相邻。
安徽科技学院：
安徽科技学院在滁州有办学项目，并且研究生院已经正式签约筹建。
清华大学：
清华大学在滁州建立了学生红色实践基地。
西安交通大学：
西安交通大学在滁州有办学项目。
河海大学：
河海大学在滁州均有办学项目。
南京审计大学：
南京审计大学在滁州均有办学项目。
南京信息工程大学：
南京信息工程大学即将在滁州合作办学。
南京农业大学：
南京农业大学与滁州市人民政府签署全面战略合作协议，并建设南京农业大学滁州科教创新园。
建议：
滁州与南京之间的合作不断深化，越来越多的高校选择在滁州建立校区或办学项目，这对滁州的教育和经济发展具有积极意义。对于学生来说，这些学校的入驻也为他们提供了更多的学习机会和更好的教育资源。